Oltre cento ceppi di SARS-CoV-2 sono stati sequenziati nel laboratorio Covid-19 del Policlinico di Bari. È la complessa attività svolta nell’ultimo anno grazie a tecnologie e a software di analisi avanzati, che vede impegnati ricercatori e bioinformatici altamente qualificati e che contribuisce alle “flash survey” nazionali, le indagini commissionate da ministero della Salute e coordinate dall’Istituto Superiore di Sanità, finalizzate a monitorare la diffusione delle varianti del virus sull’intero territorio nazionale.
Per rafforzare l’attività di ricerca e di prevenzione e per individuare con tempestività i focolai epidemici arginando i contagi e limitando la diffusione del virus, la direzione strategica del Policlinico di Bari ha deciso di investire nel sequenziamento delle varianti attraverso un finanziamento straordinario di circa 150mila euro destinato all’acquisto di kit specifici di cui dotare il laboratorio. Nell’ambito delle attività di sorveglianza per SARS-CoV-2, infatti, è ormai imprescindibile il monitoraggio delle sequenze genomiche per avere un quadro generale della circolazione del virus, dei vari lineaggi e di eventuali varianti. E il laboratorio Covid19 del Policlinico, guidato dalla professoressa Maria Chironna, è impegnato proprio nelle attività di sequenziamento del virus mediante Whole-genome sequencing, una tecnica che consente di sequenziare l’intero genoma del virus.
Grazie a questa attività, a dicembre 2020, è stata sequenziata la prima variante inglese identificata in Puglia e nei giorni scorsi sono state identificate due varianti brasiliane di SARS-CoV-2. Questa scoperta è di grande rilevanza in sanità pubblica perché consente di fornire dati fondamentali ai fini delle attività di contact tracing per il contenimento dell’epidemia. Dalla segnalazione dei primi casi di variante inglese e variante sudafricana, il ministero della Salute ha raccomandato il rafforzamento della sorveglianza nei confronti delle nuove varianti ed ha indicato i criteri per procedere ad effettuare il sequenziamento.
Il laboratorio Epidemiologia Molecolare e Sanità Pubblica dedicato al Covid19 provvederà ad effettuare il sequenziamento secondo le raccomandazioni delle circolari ministeriali nei casi di Covid con storia di viaggio in aree con nota circolazione di varianti virali o che presentino link epidemiologico a casi di Covid riconducibili a nuove varianti, quando segnalate dai Dipartimenti di prevenzione o dai reparti di degenza dei pazienti, nei casi di Covid che alla diagnosi risultino negativi al target genico S, nei casi di Covid con sospetta reinfezione da SARS-CoV-2, nei casi di Covid in aree con un aumento significativo dell’incidenza o in casi di focolai epidemici e nei casi di COVID già sottoposti a vaccinazione anti-COVID-19 per identificare le breakthrough infections e in casi di COVID in pazienti immunocompromessi e positivi a SARS-CoV-2 per lunghi periodi.
Il nuovo Laboratorio Covid19 del Policlinico di Bari nasce ad agosto 2020 in una struttura completamente ristrutturata per rispondere alle nuove esigenze di diagnostica avanzata dell’emergenza pandemica. La struttura è dotata di strumenti di altissima tecnologia che consentono di processare un numero elevato di tamponi garantendo la massima efficienza ed accuratezza dalla fase preanalitica fino al risultato finale.
